北宋以前，南水屬于新會(huì)縣。
南宋紹興二十二年（1152年），劃歸東莞縣的香山寨，后設(shè)立香山縣（今中山市），屬香山縣黃梁都，隸屬于廣州府。
明嘉靖八年（1529年），廣州府香山縣在浪白設(shè)置市舶，屬廣州市舶司管轄，為明朝主要通商口岸之一。
民國十四年（1925年），香山縣改為中山縣，南水（包括北水、連灣）是中山縣第七區(qū)（三灶區(qū)）的一個(gè)鄉(xiāng)。
1953年，珠海從中山縣劃出，成為珠�？h，南水是珠海縣第三區(qū)（三灶區(qū)）的一個(gè)鄉(xiāng)。
1958年，珠海縣再度和中山縣合并，成立三灶公社，南水為三灶公社的一個(gè)鄉(xiāng)，高欄定為中山縣地方國營鹽場。
1961年，恢復(fù)珠�？h，南水仍為三灶公社的一個(gè)鄉(xiāng)，但連灣、北水從闡水劃出，連灣劃歸平沙農(nóng)場，北水被立為北水蠔場，直屬廣東省水產(chǎn)廳管轄。
1962年，南水從三灶劃出，成立南水公社，管轄1條街道、17個(gè)村莊、18個(gè)海島。
1979年3月5日，珠�？h改為珠海市，南水為珠海市的一個(gè)公任。
1982年6月，南水公社改制為南水區(qū)公所。
1984年8月，珠海市設(shè)立縣級(jí)建制的香洲區(qū)，南水屬香洲區(qū)的一個(gè)區(qū)公所。
1987年4月，南水撤區(qū)建鎮(zhèn)為香洲區(qū)南水鎮(zhèn)。
1988年12月12日，珠海市設(shè)立行使縣級(jí)權(quán)限的三灶管理區(qū)，南水鎮(zhèn)、三灶鎮(zhèn)及小林鎮(zhèn)劃歸三灶管理區(qū)。
1993年，劃歸珠海港管理區(qū)管理。
1994年4月，南水鎮(zhèn)從二社區(qū)獨(dú)社孫分和國港管理區(qū)管轄。
1999年12月，南水被國務(wù)院體改辦列為國家級(jí)小城鎮(zhèn)綜合改革試點(diǎn)鎮(zhèn)，行使部分縣級(jí)經(jīng)濟(jì)管理權(quán)限。
2001年4月4日，珠海市成立金灣區(qū)，南水、三灶、小林、平沙和紅旗5個(gè)鎮(zhèn)及金海岸街道劃歸金灣區(qū)管轄。
2006年7月3日，珠海臨港工業(yè)區(qū)和南水鎮(zhèn)實(shí)施“區(qū)鎮(zhèn)合一”體制改革新模式，正式成立珠海高欄港經(jīng)濟(jì)區(qū)。