該村由沙港大鄉(xiāng)分居此地，取名吉嶼村。
1950年屬六區(qū)沙港鄉(xiāng)。
1952年以長隴、吉嶼、圍內(nèi)、下埔四個(gè)村設(shè)置長吉鄉(xiāng)，屬六區(qū)。
1953年屬赤坑區(qū)。
1956年并入沙港大鄉(xiāng)。
1958年撤區(qū)建人民公社時(shí)期，屬赤坑公社長吉大隊(duì)。
1984年政社分設(shè)時(shí)期，屬赤坑區(qū)長吉鄉(xiāng)。
1987年撤區(qū)建鄉(xiāng)鎮(zhèn)時(shí)改為赤坑鎮(zhèn)長吉村委會(huì)。
1989年改為長吉管理區(qū)辦事處。
1995年設(shè)置吉嶼管理區(qū)辦事處。
1998年改設(shè)為吉嶼村委會(huì)，一直沿用至今。