相傳宋朝中葉，鴻溝里和附近陶內(nèi)、環(huán)山里已有人居住。
宋理宗寶祐五年（1253），林致政從福建莆田宦游至此定居，是為鴻溝林氏始祖，繁衍成鄉(xiāng)（村）。
前隸屬海陽縣懷德鄉(xiāng)蘇灣都，明成化十三年（1477）屬饒平縣蘇灣都。
明嘉靖四十二年（1563）屬澄海縣蘇灣都。
前全鄉(xiāng)分為半埔社、巷口社、東厝社、后厝社、圍內(nèi)社、尾社、宮前、大厝內(nèi)共8個社。
1921年廢都設區(qū)。
1932年稱鴻溝鄉(xiāng)，屬第六區(qū)（樟林）。
1946年屬鹽鴻?quán)l(xiāng)。
1949年屬蘇北區(qū)。
1951年屬鹽壇鄉(xiāng)。
1953年稱鴻溝鄉(xiāng)，屬三區(qū)（蘇北）。
1958年9月成立澄�？h人民公社，屬第二支隊202團。
1959年屬蘇北人民公社。
1960年鴻溝生產(chǎn)大隊析分為4個生產(chǎn)大隊，設立鴻三生產(chǎn)大隊。
1961年4月蘇北人民公社析為東隴、鹽鴻、十五鄉(xiāng)3個人民公社，屬鹽鴻人民公社。
1984年1月設區(qū)建鄉(xiāng)，設鴻三鄉(xiāng)，屬鹽鴻區(qū)。
1986年12月撤區(qū)置鎮(zhèn)，設鴻三村，屬鹽鴻鎮(zhèn)。
1990年9月設鴻三管理區(qū)。
1998年9月設鴻三，沿用至今。