清道光年間，屬慕德里司番禺縣轄。
民國二十年（1931年），番禺撤司設(shè)區(qū)，石馬隸屬第六區(qū)均和聯(lián)鄉(xiāng)管轄。
1949年，屬禺北辦事處管理。
1950年，屬番禺六區(qū)管轄。
1952年12月番禺禺北進行調(diào)整，原番禺第六區(qū)改為第八區(qū)，以村建立小鄉(xiāng)，石馬劃入石馬鄉(xiāng)管轄。
1958年1月，劃歸廣州市郊區(qū)管轄，石馬鄉(xiāng)改稱石馬大隊，屬三元里人民公社。
1961年屬嘉禾人民公社。
1962年11月，重新劃歸三元里公社。
1984年2月公社撤銷，改名清湖鄉(xiāng)政府。
1987年撤清湖鄉(xiāng)政府設(shè)立清湖村民委員。
2002年7月由村改居，撤清湖村委會，設(shè)立清湖北居委會和清湖南居委會，沿用至今。