1949年設(shè)南峪鄉(xiāng)，隸屬縣城區(qū)，1955年11月撤區(qū)并鄉(xiāng)，將南峪鄉(xiāng)并入東順鄉(xiāng)。
1956年9月，再次調(diào)整為南峪鄉(xiāng)。
1958年4月，武山與漳縣合并，同年12月甘谷并入武山，全縣設(shè)10個大公社，下轄84年管理區(qū)，為南峪管理區(qū)；1961年5月，三縣分置。
1962年1月，全縣設(shè)8個區(qū)，下轄41個人民公社，南峪公社屬城關(guān)區(qū)；1965年8月撤區(qū)并社，南峪公社劃入東順公社；1983年12月改為南峪村村民委員會。
隸屬東順鄉(xiāng)。
2003年鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調(diào)整，撤銷東順鄉(xiāng)劃歸城關(guān)鎮(zhèn)管轄南峪村民委員會至今。