兩漢、北朝北魏、西魏時期，現(xiàn)薛百鎮(zhèn)境域?qū)傩h。
北朝北周至隋時，屬姑臧縣。
唐時，屬明威府。
元時，屬永昌路。
明時，屬鎮(zhèn)番衛(wèi)。
清時，屬鎮(zhèn)番縣。
民國二十三年（1934年），屬第一區(qū)。
民國三十六年（1947年），屬大壩、小壩2鄉(xiāng)。
1949年10月，屬小壩區(qū)。
1952年12月，屬城關(guān)、大壩2區(qū)。
1956年1月，屬更名、薛百2鄉(xiāng)。
1958年10月，并入三雷公社。
1961年12月，從三雷公社分出，成立薛百公社。
1983年4月，由薛百公社改為薛百鄉(xiāng)。
2015年，由薛百鄉(xiāng)改為薛百鎮(zhèn)。