民國初期，沿襲清制，武威縣的行政管理區(qū)按水系劃分為六個渠，即黃渠（黃羊河水系）、大渠（雜木河上游）、雜渠（雜木河下游）、金渠（金塔河水系）、懷渠（西營河上游）、永渠（西營河下游）。
民國24年（1935），將六個行政管理區(qū)劃分為2個鎮(zhèn)、12個鄉(xiāng)，屬大河鄉(xiāng)。
中華人民共和國成立初屬大河區(qū)菖蒲鄉(xiāng)。
1952年屬清源區(qū)菖蒲鄉(xiāng)。
1958年人民公社化時期屬清源區(qū)清水公社，稱菖蒲溝大隊，后更名為曙光大隊。
1983年撤社設鄉(xiāng)時屬清水鄉(xiāng)，更名為菖蒲溝村民委員會。
2015年9月清水鄉(xiāng)撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)，屬清水鎮(zhèn)。