西漢至十六國(guó)“五涼”時(shí)期，九墩鎮(zhèn)境域分屬武威郡休屠縣和姑臧縣，休屠縣治所即今四壩鎮(zhèn)、九墩鎮(zhèn)一帶。
北魏至隋初，屬武威郡林中縣和襄城縣。
唐宋年間，歸姑臧縣。
元時(shí)，屬永昌路西涼州。
明清時(shí)期，先后歸涼州衛(wèi)和武威縣。
民國(guó)元年（1912年）后，屬武威縣雙城鄉(xiāng)。
1949年9月后，屬白塔、雙城區(qū)。
1952年7月，屬第六區(qū)（雙城）。
1956年1月，為九墩鄉(xiāng)。
1958年10月，屬下雙公社。
1962年，成立九墩公社。
1983年7月，設(shè)九墩鄉(xiāng)。
2018年3月，撤鄉(xiāng)，設(shè)九墩鎮(zhèn)。