唐高祖武德五年（622）置縣瓜州，轄晉昌、常樂二縣。
五代屬歸義軍領(lǐng)地。
宋景祐三年(1036)，屬西夏西平軍司。
至宋景炎二年（1277），置瓜州路。
至宋祥興三年（1280），隸沙州路總管府。
明設(shè)罕東衛(wèi)。
清雍正二年（1724）置安西直隸廳。
清乾隆二十四年（1759），裁撤安西衛(wèi)，置安西府，治今瓜州縣。
清乾隆三十九年（1774），降安西府為安西直隸州，隸屬安肅道，領(lǐng)安西、敦煌兩縣。
1913年，改直隸州為安西縣，屬安肅道。
1936年，隸甘肅省第七區(qū)行政督察專員公署。
1949年10月，安西縣和平解放，隸屬酒泉分區(qū)行政督察專員公署。
1955年10月，隸屬張掖專員公署。
1962年1月，隸屬酒泉地區(qū)行政公署。
2002年酒泉撤地設(shè)市后，隸屬酒泉市。
2006年8月更名為瓜州縣，隸屬酒泉市。