唐宋時(shí)代屬漳浦縣安仁鄉(xiāng)含恩里。
明清時(shí)代屬十五都。
清代編為金泥、錢塘2保。
金泥即深土，金泥保轄沿海一帶，錢塘即塘頭，錢塘保轄塘頭以上至灶山下一帶。
乾隆三十二年（1767年）在2保之間社墟市，取二保保名各一字，名為金塘墟。
“金塘”逐成為總地名。
1940年設(shè)金塘、東宗2鄉(xiāng)，金塘鄉(xiāng)轄月嶼、亭里、后雄、保安（以上今屬赤湖鎮(zhèn)）、前雄、塘邊、墩東、墩西、大肖、南境、塘頭、龍店12保，東宗鄉(xiāng)由東庵、八宗2聯(lián)保合并而成，轄深土、東庵、后戴、西丹、庵下吳、雄霞、竹嶼7保，民國(guó)33年東宗鄉(xiāng)合并于金塘鄉(xiāng)，所轄19保合并為墩柄、大肖、塘頭、南境、大店、龍霞、保安、車敖、東庵、西陂、林前、錦東、深土、埭頭、竹嶼15保。
新中國(guó)成立后撤銷金塘鄉(xiāng)，將其原來轄域劃屬第六區(qū)（赤湖區(qū)），1951年8月增設(shè)第九區(qū)，區(qū)公所設(shè)在深土自然村，其轄域包括今深土、六鰲2鎮(zhèn)。
1955年12月改名為深土區(qū)，1958年9月成立深土公社，下分設(shè)深土、大肖、車敖、六鰲4管理區(qū)。
1961年7月撤銷管理區(qū)，深土公社分為深土、車敖、六鰲3公社。
1964年9月，車敖公社合并于深土公社，共轄墩柄、大肖、東吳南境、院前、塘頭、深土、埭頭、大店、塔底、錦江、示埔、車敖、山邊、山尾、庵下吳、東庵、埭厝、東坪19個(gè)大隊(duì)。
1981年，深土公社駐地遷于山邊村，1981年8月深土公社改為深土鄉(xiāng)，所屬各大隊(duì)改為村，共19村，轄67社（自然村）。
1982年2月改為深土鎮(zhèn)并沿用至今。