磐石村舊時屬候官縣管轄，民國時期屬閩侯縣管轄，解放前夕屬林森縣管轄，1949年8月17日福州解放初期屬洪山區(qū)管轄。
1953年洪山區(qū)撤消，成立新店區(qū)，磐石屬新店區(qū)管轄。
1958年9月新店區(qū)撤消改稱郊區(qū)人民公社新店分社，磐石屬新店分社管轄，同時改為磐石大隊，1979年磐石大隊屬環(huán)城區(qū)管轄，1982年8月又恢復(fù)福州郊區(qū)管轄，1984年9月磐石大隊改名為磐石村民委員會，由新店鄉(xiāng)人民政府管轄，村委會開始村民自治，1992年新店鄉(xiāng)改為新店鎮(zhèn)，現(xiàn)磐石村委會設(shè)在王厝頭山北路77號。