溪源鄉(xiāng)位于該鄉(xiāng)東溪與楚溪匯合口，故原名為楚上溪口，因駐地村名與建寧城外溪口同名，1950年改為溪源。
現(xiàn)以鄉(xiāng)駐地溪源村名為鄉(xiāng)名。
宋代至清代為東鄉(xiāng)的楚上、楚下保部份。
民國時期為第二區(qū)所轄的東安鄉(xiāng)。
第二次國內(nèi)革命戰(zhàn)爭蘇維埃時期，屬陳嶺（溪口）區(qū)，并一度劃歸泰寧縣蘇維埃管轄。
民國22年（1933年）11月，閩贛省領(lǐng)導(dǎo)機關(guān)由黎川縣德勝關(guān)遷駐建寧縣城時，一度停駐楚上溪口（今溪源村）。
民國23年（1934年）1月，在溪源鄉(xiāng)都團村建立黎南縣，是縣委、縣蘇維埃政府所在地。
1950年建寧解放后，同年7月成立四區(qū)，溪源屬四區(qū)。
1953年區(qū)政府從黃坊遷址溪源。
1956年改為溪源區(qū)公所。
1958年成立溪源人民公社。
1959年遷址黃坊改為黃坊人民公社，1972年從黃坊人民公社劃出溪源等九個大隊成立溪源人民公社。
1984年改為溪源鄉(xiāng)人民政府。