民國時(shí)期始設(shè)凈峰鄉(xiāng)。
凈峰鎮(zhèn)歷史悠久，北宋太平興國六年（981年）置惠安縣時(shí)，凈峰鎮(zhèn)分屬崇善鄉(xiāng)，崇武鄉(xiāng)，元時(shí)屬行滿鄉(xiāng)宗節(jié)里二十七都，文質(zhì)鄉(xiāng)延壽里、溫陵里。
明清時(shí)屬三十都黃坑鋪、三十一都山前鋪、三十二都東周鋪。
民國時(shí)期設(shè)凈峰鄉(xiāng)轄9個(gè)保，1949年9月屬第三區(qū)（東嶺區(qū)），1952年6月成立第四區(qū)（凈峰區(qū)），1958年9月屬飛躍人民公社，1961年9月成立凈峰人民公社，1984年10月成立凈峰鄉(xiāng)人民政府，1991年撤鄉(xiāng)建鎮(zhèn)。