清末民初為浦里南門場(chǎng)甲，1930年，置南門場(chǎng)鄉(xiāng)。
1935年，改為南門場(chǎng)聯(lián)保。
1938年析西南部置東陽(yáng)山聯(lián)保。
1940年設(shè)鄉(xiāng)廢聯(lián)保，并東陽(yáng)山、南門場(chǎng)為南門鄉(xiāng)，1941年析置東陽(yáng)鄉(xiāng)。
1953年分為南門為新浦、協(xié)和、和平。
芙蓉、蓮池5鄉(xiāng)和南門鎮(zhèn)。
1956年11月，5鄉(xiāng)1鎮(zhèn)再合并為南門鄉(xiāng)。
1958年為南門公社，1962年，析置花林公社。
1984年，改為南門鄉(xiāng)。
1992年9月改鄉(xiāng)為鎮(zhèn)，同時(shí)東陽(yáng)、萬(wàn)里2鄉(xiāng)并入南門鎮(zhèn)。
2005年8月，花林鄉(xiāng)并入南門鎮(zhèn)。