1948年設(shè)馬寨鄉(xiāng)；1958年10月屬大田人民公社；1961年1月成立馬寨人民公社；1969年撤區(qū)并社，成立馬寨大公社；1979年10月設(shè)歐廟、馬寨兩個公社，屬華佗區(qū)管轄；1983年3月恢復(fù)馬寨鄉(xiāng)；1992年2月撤區(qū)并鄉(xiāng)時仍設(shè)馬寨鄉(xiāng)，屬阜陽市；1996年1月阜陽撤地設(shè)市屬潁州區(qū)。
2006年10月，馬寨鄉(xiāng)轄有朱大莊村、何莊村、宋莊村、宋寨村、馬老郢村、申郢村、皮樓村、蔡竹園村、廟東村、大姚村、姚樓村、前孟村、姚老家村、寺西村、歐廟村、園里村、張小莊村、姚寨村、大牛村等19個村和1個馬寨居委會。
2018年末，轄馬寨居委會和朱大莊村、宋寨村、申郢村、皮樓村、廟東村、姚樓村、姚老家村、歐廟村、張小莊村等9個村。