建國初期為山斗區(qū)芳干村；1953年為黃村鄉(xiāng)芳干村；1958年實行公社制，隸屬東風公社黃村生產大隊；1961年改置為芳干大隊，隸屬黃村公社；1981年黃村公社更名為東洲公社，芳干大隊隸屬東洲公社；1983年4月，公社改鄉(xiāng)，大隊改村，置東洲鄉(xiāng)，改設芳干村；1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)，芳干村隨東洲鄉(xiāng)并入洪里鄉(xiāng)；2004年鄉(xiāng)鎮(zhèn)區(qū)劃調整，芳干村隨洪里鄉(xiāng)并入商山鄉(xiāng)；2008年嶺后村并入芳干村，隸屬商山鄉(xiāng)；2010年3月，商山鄉(xiāng)改鎮(zhèn)建制，芳干村隸屬商山鎮(zhèn)至今。