該鎮(zhèn)1931年為靈璧縣南二區(qū)（區(qū)公所駐連城集）的新馬橋聯(lián)保管轄；1949年屬于連城鄉(xiāng)及仁和集鄉(xiāng)的部分轄地劃給五河縣；屬于韋店、新馬橋兩鄉(xiāng)及仁和集鄉(xiāng)的另一部分轄地劃給懷遠(yuǎn)縣。
至此該區(qū)分別由五河、懷遠(yuǎn)、靈璧三縣管轄；1955年設(shè)王崗、陸圩、殷樓、張店、連站、仁和集、新馬橋、黃圩、蘆溝、連城10個鄉(xiāng)；1945年新馬橋聯(lián)保改為新馬橋鄉(xiāng)。
建國后仍設(shè)此鄉(xiāng)，1958年建新馬橋公社，由新馬橋、盧渡兩個大隊組成；1959年改為淝光公社；1962年再設(shè)新馬橋公社；1965年從懷遠(yuǎn)縣劃歸固鎮(zhèn)縣；1969年并入連站、新馬橋兩公社；1980年調(diào)整社隊規(guī)模時，新馬橋、連站兩社劃為7個公社；1983年改為新馬橋鄉(xiāng)；1992年撤區(qū)并鄉(xiāng)時，新馬橋合并韋店、仁和集兩個鄉(xiāng)成立新馬橋鎮(zhèn)；2004年5月行政區(qū)劃調(diào)整，原磨盤張6個村1個居委會整建并入今天的新馬橋鎮(zhèn)。